Fakultas MIPA Unimed memiliki ruang perkantoran dan perkuliahan yang nyaman dan sangat memadai. Setiap jurusan memiliki gedung kuliah yang nyaman dilengkapi dengan white board, LCD (fixed and wireless LCD), pengalir udara (kipas angin) atau pendingin ruangan (Air Conditioner). Setiap jurusan juga memiliki ruang seminar dan diskusi, laboratorium praktikum, laboratorium komputer, laboratorium penelitian dan laboratorium microteaching. Setiap laboratorium telah dilengkapi dengan peralatan, instrumen dan alat bantu (model) yang memadai untuk digunakan dalam pelaksanaan praktikum dan penelitian. Untuk menunjang proses pembelajaran , FMIPA juga memiliki perpustakaan, rumah kaca dan rumah hewan.
Pada tahun 2015, FMIPA telah menempati satu gedung baru berlantai 4 dengan satu lantai basemen sebagai tempat parkir. Peruntukan gedung ini adalah untuk ruang perkantoran dekanat, ruang pertemuan (Aula) dan ruang seminar. Gedung baru direncanakan akan dilengkapi dengan empat buah gedung baru (dalam bentuk tower), masing-masing satu tower untuk setiap jurusan, dengan peruntukan sebagai ruang kantor, ruang ujian, ruang diskusi, ruang pertemuan, ruang seminar, ruang microteaching, . Saat ini baru dua buah (dari empat tower) yang sudah selesai pembangunannya dan telah digunakan untuk kegiatan di jurusan yaitu tower jurusan matematika yang memiliki 9 lantai dan tower jurusan fisika juga memiliki 9 lantai.